El 30 de diciembre de 1981 concluyó el proceso iniciado en abril de 1979 por el Ayuntamiento de Cabezón de la Sal, bajo la presidencia de Ambrosio Calzada Hernández. Este municipio abrió el proceso previsto en el Artículo 143 de la Constitución Española y que condujo a la Autonomía de Cantabria. Otros 85 Ayuntamientos de la región y la Diputación Provincial se sumaron en los meses siguientes a la propuesta aprobada por el Ayuntamiento de Cabezón de la Sal.
La Asamblea Mixta, integrada por los diputados provinciales y los parlamentarios nacionales, inició el 10 de septiembre de 1979 los trabajos para la redacción del Estatuto de Autonomía. Tras la aprobación de éste por las Cortes Generales, el 15 de diciembre de 1981, el Rey de España firmó la correspondiente Ley Orgánica del Estatuto de Autonomía para Cantabria el 30 de Diciembre de ese mismo año.
El 20 de febrero de 1982 se constituyó con carácter provisional la primera Asamblea Regional de Cantabria, integrada por los mismos miembros que formaron la Asamblea Mixta redactora del Estatuto. Fue designado Presidente del Parlamento Isaac Aja Muela y Presidente del Consejo de Gobierno el que ya lo fuera de la extinta Diputación Provincial, José Antonio Rodríguez Martínez.
Las primeras elecciones autonómicas se celebraron en mayo de 1983. La coalición formada por Alianza Popular (luego Partido Popular), Partido Democrático Popular (PDP) y Unión Liberal (UL) ganó las elecciones, seguida a corta distancia por el PSOE. La tercera fuerza representada en la Cámara fue el Partido Regionalista de Cantabria. Como Presidente del Parlamento resultó elegido Guillermo Gómez Martínez-Conde y como Presidente del Consejo de Gobierno José Antonio Rodríguez Martínez, cabeza de lista de la coalición de centro derecha. Éste último dimite en febrero de 1984, siendo sustituido hasta el final de la legislatura por el diputado regional de Alianza Popular Ángel Díaz de Entresotos.
Los resultados electorales de 1987 llevan a la presidencia del Gobierno regional a Juan Hormaechea que, en calidad de independiente, lideró la candidatura del Partido Popular. La presidencia de la Asamblea fue para el regionalista Eduardo Obregón Barreda, quien contó en su elección con el apoyo de los diputados socialistas. Éste será sustituido dos años más tarde por Adolfo Pajares Compostizo, en tanto que Juan Hormaechea fue relevado del cargo de Presidente del Gobierno regional, en diciembre de 1990, por una moción de censura avalada por el PP, PSOE, PRC y CDS. Le sustituyó en la presidencia de la Diputación Regional Jaime Blanco García.
Celebradas las elecciones autonómicas de 1991 retorna a la presidencia del Ejecutivo cántabro Juan Hormaechea, quien se presentó a las elecciones liderando una nueva formación política: Unión para el Progreso de Cantabria (UPCA). El acuerdo entre esta formación y el Partido Popular hizo posible que Adolfo Pajares Compostizo fuera reelegido Presidente del Parlamento.
En 1995 el Partido Popular obtiene la mayoría minoritaria, con 13 diputados. Tras el pacto con el Partido Regionalista es elegido Presidente del Gobierno José Joaquín Martínez Sieso. Para la presidencia del Parlamento es reelegido Adolfo Pajares Compostizo.
En el transcurso de la IV Legislatura (1995-1999) fue aprobada y entró en vigor la importante reforma del Estatuto de Autonomía para Cantabria (30-12-1998) . Dicha reforma fue avalada por consenso de todos los Grupos Parlamentarios. Fueron ponentes de la reforma los parlamentarios Francisco Rodríguez Argüeso (PP), Julio Neira (PSOE), José Ramón Saiz Fernández (UPCA), Rafael de la Sierra (PRC) y Martín Berriolope (IDCAN).